After completing this workshop, the student: • understands and recognizes the relevance of metabolomics research for society, • knows and understands the basic concepts and workflow of metabolomics, • knows how to pretreat metabolomics data prior to data analysis using Microsoft Excel • knows how to apply multivariate analysis on experimental data using MetaboAnalyst, • and knows how to transform the output of the multivariate analysis into biological information using the Human Metabolite Database. Required software: Microsoft Excel Time investment: 3 hours.

Instructional video on “Tissue Culture: Passing suspension cells”. This instruction is used in the practical “Cell Cultivation and Purification”. Video: 8:45 min

This repo is a demo on how to use parameters and an embedded Shiny app in R Markdown

Tutor/ group assignment for which students should have some biotechnological process knowledge. Students will present a biotechnological process based on a scientific article. Presentation is done in the form of a poster.

Tutor/group assignment for students with (some) theoretical knowledge on DoE (e.g. theory lesson) Students present scientific research, in which DoE is used, by means of a presentation. This is based on an article, that students can pick from a list.

In this training you’re going to make an assembly of data produced by “Complete Genome Sequences of Eight Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Strains Isolated from Patients in Japan” from Hikichi et al. 2019 which describes: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a major pathogen causing nosocomial infections, and the clinical manifestations of MRSA range from asymptomatic colonization of the nasal mucosa to soft tissue infection to fulminant invasive disease. Here, we report the complete genome sequences of eight MRSA strains isolated from patients in Japan. In this tutorial you will learn how to make a genome assembly by using Galaxy on ONT long read data.

In this training you’re going to make an assembly of data produced by “Complete Genome Sequences of Eight Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Strains Isolated from Patients in Japan” from Hikichi et al. 2019 which describes: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a major pathogen causing nosocomial infections, and the clinical manifestations of MRSA range from asymptomatic colonization of the nasal mucosa to soft tissue infection to fulminant invasive disease. Here, we report the complete genome sequences of eight MRSA strains isolated from patients in Japan. In this tutorial you learn to use Galaxy to assemble and analyze the sequencing data from these strains.

The bacterial ribosome consists of 3 rRNA molecules and 54 proteins and plays a crucial role in translating mRNA-encoded information into proteins. Because of the structural complexity of the ribosome, it is believed that each ribosomal component coevolves to maintain function. In particular, because the 16S and 23S rRNAs form the structural core of the ribosome, they are believed to be least likely to experience horizontal gene transfer between species. On the basis of the species-specific nature of rRNA and their omnipresence in all bacteria, the rRNA genes, especially those for 16S rRNA, have long been used as an “ultimate chronometer” 16S ribosomal RNA (or 16S rRNA) is the component of the 30S small subunit of a prokaryotic ribosome that binds to the Shine-Dalgarno sequence. The 16S rRNA gene is used for phylogenetic studies as it is highly conserved between different species of bacteria and archaea. It is suggested that 16S rRNA gene can be used as a reliable molecular clock because 16S rRNA sequences from distantly related bacterial lineages are shown to have similar functionalities. In this tutorial, you will learn to use online tools to design universal and species specific primers for 16rRNA primers. The products can be used for PCR or Sequencing experiments.

Omschrijving: Tijdens dit practicum worden een aantal basis moleculaire technieken uitgevoerd gedurende de eerste 4 practicumdagen. Dit zijn onder andere plamide isolatie en restrictie, PCR, DNA- en eiwit-electroforese. Daarnaast komen deze technieken terug in een project dat gedurende practicumdagen en online met een groep wordt uitgevoerd. Van dit project wordt een poster gemaakt en deze poster wordt vervolgens gepresenteerd. Leeruitkomsten: - De student voert de laboratoriumvaardigheid Polymerase Chain Reaction (PCR) binnen het experiment uit. - De student voert de Analyse & Isolatie van de plasmide DNA (pUC18) uit Escherichia coli binnen het experiment uit. - De student voert de genetische regulatie van het Lac-operon van E. Coli binnen het experiment uit. - De student voert de laboratoriumvaardigheid SDS-PAGE binnen het experiment uit. - De student kan een DNA-gel bereiden en deze laden, runnen en het DNA zichtbaar maken. - De student kan aan de hand van de theorie van het Lac-operon experiment de resultaten van dit experiment verklaren en in verband brengen met de hoeveelheden Beta-galactosidase op SDS-Page-gel. - De student kan in samenwerking een poster maken en presenteren, waarin de groepsresultaten van het project correct worden weergegeven. - De student kan tijdens de uitvoer van het project op gepaste manier samenwerken (communicatie, taakverdeling). - De student kan in groepsverband een duidelijk plan van aanpak schrijven m.b.t. het project en deze voorzien van de juiste protocollen

Vakomschrijving: Tijdens het practicum leer je om de eigenschappen van bacteriën te bepalen door een reeks van biochemische testen uit te voeren (bonte rij en API test), waardoor je de onbekende bacteriën kunt identificeren. Bovendien leer je een pH meter te kalibreren, buffers te bereiden en de pH verandering te vergelijken van deze buffers met water. Er is veel aandacht voor de vaardigheid pipeteren en het toepassen van deze vaardigheid bij het uitvoeren van een eiwitbepaling. Leeruitkomsten: Na afloop van deze module kun je: - Basale laboratoriumvaardigheden (wegen, pipetteren, pH meten) in experimenten toepassen. - De onderzoeksgegevens van het experiment op een statistisch verantwoorde manier verwerken, interpreteren en bediscussiëren aan de hand van literatuurgegevens.